Emil Aaltonen ei päässyt kouluun, mutta äiti opetti hänet lukemaan ja auttavasti kirjoittamaan. Itseoppineesta kansanmiehestä tuli vuosien mittaan vuorineuvos, suuryrittäjä ja monen tehtaan omistaja.
Jo verrattain varhaisessa vaiheessa Aaltonen mietti, millä tavoin voisi jakaa työnsä aineellista tulosta yhteiseksi hyväksi ja nimenomaan kansakunnan henkisen hyvinvoinnin ja kehityksen hyväksi. Emil Aaltosen mielestä kasvava taloudellinen hyvinvointi oli mahdollista vain siellä, missä kansallinen kulttuuri on korkealla tasolla. Sen vuoksi hän halusi lahjoittaa osan työnsä tuotosta suomalaisen kulttuurin tukemiseen.
Emil Aaltonen oli joutunut näkemään, kuinka suomalaista kulttuuria luotiin aineellisesti puutteellisissa oloissa. Häneltä oli lukemattomia kertoja pyydetty taloudellista tukea. Kirjeet ja keskustelut ehkä vähitellen kypsyttivät ajatuksen säätiöstä, joka vielä hänen jälkeensäkin pystyisi merkittävästi tukemaan kulttuuria ja tutkimusta.
Emil Aaltonen tutustui luottamustoimensa yhteydessä Hugo Suolahteen, lähes Aaltosen ikätoveriin, joka toimi Helsingin yliopiston rehtorina ja kanslerina sekä germaanisten kielten tutkijana. Suolahti ja Aaltonen olivat kuin kahdesta eri maailmasta: toinen akateemisen sivistyksen huipulta ja toinen täysin koulujakäymätön teollisuusmies. He kuitenkin puhuivat samoista asioista ja olivat ilmeisesti henkisesti hyvin lähellä toisiaan.
Suolahdelle Aaltonen kertoi aikeistaan perustaa säätiö. Kun ryhdyttiin laatimaan säätiölle sääntöjä ja toimintalinjoja, Aaltonen hahmotteli suuntaviivat ja Suolahti muotoili ajatukset sanoina paperille. Aaltonen myös pyysi Suolahden säätiön hallituksen puheenjohtajaksi. Hallituksen jäseniksi Emil Aaltonen halusi professori Olli Heikinheimon ja professori V.A. Koskenniemen. Aaltonen ryhtyi hallituksen varapuheenjohtajaksi ja asiamieheksi hän pyysi vävynsä, varatuomari Lauri J. Kivekkään. Näin Aaltonen oli koonnut säätiönsä ensimmäiseen hallitukseen ystäviään, joiden kanssa hän oli ollut pitkään tekemisissä hyvin erilaisten asioiden merkeissä.
Säätiön hallituksen ensimmäinen kokoontuminen oli myöhäissyksyllä 1937 Emil Aaltosen kotona Pyynikinlinnassa. Tästä tilaisuudesta otettiin valokuva, jossa tummiin pukeutuneet viisi herraa istuvat Aaltosen kirjastohuoneessa kahdeksankulmaisen pöydän ympärillä.
Emil Aaltonen oli tottunut yrityksissään pitämään langat omissa käsissään. Säätiössä hän menetteli taloudenpidon suhteen samoin, mutta antoi tieteellisissä kysymyksissä sananvallan tiedemiehille. Lähes kaksi vuotta Emil Aaltonen kartutti säätiön pääomaa ennen kuin säätiöstä kerrottiin julkisuudessa. Ensimmäistä apurahojen jakoa suunniteltiin kevääksi 1940. Sotatoimet siirsivät kuitenkin apurahojen haun syksyyn 1940, jolloin säätiölle kertyi 72 hakemusta. Tiukan karsinnan jälkeen jaettiin eri tutkimuskohteisiin 14 apurahaa, joista pieninkin oli 25 000 markkaa. Näissä tutkittiin esimerkiksi keuhkotuberkuloosia, kiteiden tutkimista röntgensäteiden avulla, järvien umpeenkasvamista, kansanrunoutta, vitamiineja, auringonpilkkuja ja vesiliskon alkioita. Hallitus valitsi apurahojen saajat viisaasti ja kaukonäköisesti. Edes joka viidennelle hakijalle apurahaa ei riittänyt, mutta neljästätoista apurahansaajasta kymmenen oli aikaa myöten professorina eri korkeakouluissa. Apurahat tulivat tutkijoille hyvään tarpeeseen, sillä sodan koettelema valtio oli joutunut supistamaan tieteelliseen työhön aiemmin osoittamiaan apurahoja. Sotatilan vuoksi vuosina 1942 ja 1944 apurahoja ei jaettu.
Säätiön varojen karttuminen oli yksinomaan Emil Aaltosen henkilökohtaisten lahjoitusten varassa. Hän jatkoikin lahjoituksiaan säätiölle kuolemaansa asti 1949.
Säätiön historiasta voi lukea myös säätiöstä ja sen toiminnasta julkaistuista kirjoista:
Raimo Seppälä: Emil Aaltosen Säätiö 1937–1987
Vesa Vares: Emil Aaltonen – Teollisuusjohtaja ja suurlahjoittaja.
Lisäksi Emil Aaltosen museossa (Pyynikinlinna, Palomäentie 2 A, Tampere) on selattavissa säätiöstä ja apurahansaajista kertova multimedia museon aukioloaikoina.
Edelleenkin säätiön hallitus kokoontuu myös Aaltosen vanhassa kirjastossa, joka toimii nykyisin säätiön toimistohuoneena.