Arkkitehti Jarl Eklundin suunnittelema Pyynikinlinna valmistui vuonna 1924. Kaksikerroksinen, vaaleaksi rapattu tiilirakennus monine klassisine yksityiskohtineen kertoo antiikin ja italialaisen rakennustaiteen ihailusta ja soveltamisesta 20-luvun pohjoismaiseen klassismiin.
Pyynikinlinna oli suomalaisen kenkäteollisuuden uranuurtajan, vuorineuvos Emil Aaltosen (1869-1949) ja hänen jälkeläistensä pitkäaikainen koti. Aaltonen osti Pyynikinlinnan vuonna 1932 sekä asunnokseen että kasvavan taidekokoelmansa tiloiksi.
Vuonna 1984 Emil Aaltosen tyttärentytär Eila Kivekäs kunnosti Pyynikinlinnan näyttelyiden ja erilaisten tilaisuuksien järjestämiseen soveltuvaksi tilaksi alkuperäistä arkkitehtuuria kunnioittaen.
Emil Aaltosen Säätiö sr ja museo
Vuonna 1991 Emil Aaltosen Säätiön toimitilat siirtyivät Pyynikinlinnaan ja kesäkuussa 2004 tiloissa avattiin Emil Aaltosen Säätiön ylläpitämä teollisuus- ja taidemuseo. Museon tarkoituksena on vaalia vuorineuvos Emil Aaltosen muistoa sekä edistää teollisen kehityksen tunnetuksi tekemistä ylläpitämällä Pyynikinlinnassa teollistumisen kehitystä, Emil Aaltosen elämäntyötä sekä hänen taidekokoelmaansa esittelevää näyttely- ja tutkimustoimintaa. Pyynikinlinnassa järjestetään myös museon tarkoitukseen sopivia kulttuuritilaisuuksia, vaihtuvia näyttelyjä sekä muita tapahtumia.
Emil Aaltosen tyttären Elsa Kivekkään ja hänen puolisonsa vuorineuvos Lauri J. Kivekkään vuonna 1974 perustaman Pro Musica Säätiön tarkoituksena on tukea taidemusiikkia mm. kannustamalla ja tukemalla nuoria lahjakkuuksia sekä antamalla tunnustusta pedagogeille. Säätiö järjestää myös pienimuotoisia konsertteja Pyynikinlinnassa yhteistyössä Tampereen Musiikkiakatemian kanssa.